У меня две трудовые книжки. Хочу устроиться одновременно на две работы, то есть обе работы будут являются основными. Работодатели об этом не знают. При этом будут производиться все отчисления в пенсионный фонд и налоговую от обоих работодателей.

Скажите, какие проблемы могут возникнуть с фондами и налоговой? Смогут ли работодатели узнать о существовании друг друга от налоговой или пенсионного фонда?

Смысла в ваших махинациях никакого.. убытки одни и проблемы.

Головная боль при разнесении сумм пенсионного и подтверждения стажа для пенсионного бухгалтерами гарантирована.

Работая по основному месту работы и ещё где-нибудь по гражданско-правовому - по второму на вас не будут начислять взносы ФСС, что экономит деньги работодателю. Больничных в 2 экземплярах никто вам не выпишет - то есть оплата будет только с одной работы.
Взносы в пенсионный поступят и так и этак, в одинаковых суммах, но как я уже написала в варианте "по вашему" с проблемами для сотрудниц пенсионного и бухгалтеров.